Đau đầu, chóng mặt, buồn nôn, nôn, đầy hơi, đau khớp, phồng rộp hoặc bong tróc da, phát ban, nổi mề đay, ngứa, sưng mắt, mặt, môi, miệng, cổ họng hoặc lưỡi, khó thở hoặc khó nuốt, khàn tiếng, nhịp tim bất thường, mệt mỏi quá mức, chóng mặt, lâng lâng, co thắt cơ bắp, lắc không kiểm soát được một phần cơ thể, co giật, tiêu chảy nặng, đau bụng, sốt.
Pantoprazole làm tăng nguy cơ gãy xương cổ tay, hông hoặc cột sống.
Dùng Pantoprazole trong thời gian dài có thể gây suy yếu niêm mạc dạ dày và giảm nồng độ vitamin B12 trong máu.
Pantoprazole có thể gây ra các tác dụng phụ khác.